Лук и перец нарежьте кубиками. Очистите 2 помидора от кожицы и также измельчите. Баклажан, цукини и оставшиеся помидоры (с кожицей) нарежьте кружочками. Моцареллу натрите на терке.
Для соуса обжарьте до золотистого цвета лук. Добавьте перец и потушите несколько минут. Выложите в сковороду кубики помидоров. Оставьте овощи на огне еще на 10 минут. Добавьте 2 зубчика чеснока, соль и молотый перец. Перемешайте и уберите с плиты. Слегка остывшие овощи переложите в блендер и измельчите до однородности.
Получившийся соус вылейте в форму для запекания. Затем выкладывайте кружочки овощей, посыпая их тертым сыром. Сверху добавьте измельченный зубчик чеснока, листочки тимьяна и базилика.
Накройте форму фольгой и уберите в разогретую до 200˚С духовку на час. Затем снимите фольгу и оставьте овощи запекаться еще на 20 минут. Подавайте рататуй горячим.